A principios de septiembre abandonada la casa de la Sra. Oleza y pasados unos días en la de la madre del P. Alcayna, ante los peligros de registro y la dificultad para estar en contacto con los jesuitas escondidos y ejercer su ministerio, decidió otra vez lanzarse a la aventura en búsqueda de un nuevo cobijo. Ya para entonces había podido comprobar personalmente que se le buscaba a él, con nombre y apellido, y que sus perseguidores contaban con una fotografía suya.
Visitó al P. Reboll con quien compartió la realidad de su situación y del peligro en que vivía y viendo que allí tampoco había posibilidad de asilo, siguió en su búsqueda. (Así describe el padre Reboll su aspecto: «Iba enteramente desconocido, gorra que le cubría hasta las cejas, patillas hasta media mejilla, sin afeitar, bigote espeso, chaqueta burda que apenas decía con el resto del vestido, en los pies alpargatas blancas y bastante usadas; diríase un representante de carbones»). Al fin lo encontró en la portería de una casa en la calle Subida del Toledano, a la sombra del Miguelete.
«Al vernos nos pidió, por favor, un escapulario de la Virgen del Carmen, y una parienta mía, Remedios de la Torre, me lo dio. Luego nos separaron y no supo más de la muerte y martirio del P. Darío»
Los porteros, bolivianos, lo recibieron con extrema caridad y compartieron con él lo poquísimo que tenían. Allí pasó el padre un par de noches «sentado en un banquillo, sin poder descansar, ya por no haber cama y a por su estado de agitación o intranquilidad». Comida no le faltó, porque conocida la situación del padre, una religiosa angélica, dando que la familia era muy pobre, y temiendo que le falta de aquella pudiera ser razón de despido, les acudió con lo posible.
A los dos días subió a un piso-pensión de la misma casa en donde pudo descansar e incluso celebrar la santa misa, pues allí también se encontraban otros sacerdotes ocultos. Como llevaba el cabello y la barba excesivamente largos, hizo llamar a un peluquero cerca del mediodía, y esto, al parecer, pudo ser la razón por la que se descubrió la presencia del padre en la casa. A las dos de la tarde se presentaron «seis pistoleros», lo detuvieron y lo trasladaron al gobierno civil.
En el gobierno civil, en la sala de detenidos, se encontró con Dª Dolores González Campuzano, dirigida espiritual suya, quien en su declaración recordaba así este momento: «Al vernos nos pidió, por favor, un escapulario de la Virgen del Carmen, y una parienta mía, Remedios de la Torre, me lo dio. Luego nos separaron y no supo más de la muerte y martirio del P. Darío». Y su hijo, álvaro, que estaba en otra sala a donde fue trasladado el padre, aprovechó el encuentro para hacer su confesión. Recordaba también que hablaron de la inmediatez de la muerte, y «me lo refería muy serenamente con perfecto dominio de si, no profirió palabra de queja, ni mucho menos agresiva contra nuestros perseguidores». Al día siguiente, lunes, fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, como recordaba el PP Puche, ingresaba en la cárcel.
Allí encontró a dos buenos compañeros suyos, los padres León y Puche. «Entró, diría el primero, muy sereno», y fue asignado a la cuarta galería, celda 405, en la que el P. Puche, que hacía de enfermero, le pudo atender en lo que necesitaba.
De estos días de prisión no se lee nada «extraordinario» en el proceso martirial del P. Darío. Nos consta que sabía que iba a morir, que esperaba la muerte, y que estaba resignado ante ella. El P. Puche, confidente del padre en estos días, lo declaró palmariamente en el proceso, y pudo añadir que «varias veces se reconcilió conmigo, pensando que iba a morir»
La muerte le llegó sin proceso alguno. A los padres León y Puche no les constaba que hubiera habido, y así lo confirmaron en sus declaraciones; y el P. Palanques lo confirmaría igualmente años después: «Creo que no fue sometido a ningún proceso. Se le llevó a la muerte por ser el superior de los jesuitas»
El padre, según se pudo saber, poco después, fue fusilado en el picadero de Paterna. Su cadáver fue reconocido por la madre y los hermanos del P. Puche; Y depositado en el Cementerio General de Valencia.
El 29 de septiembre lo «sacaron» de la cárcel. Serían las ocho de la noche. Hora que no era la acostumbrada para sacarlos cuando los iban a matar, por ello a la mañana siguiente, cuando el encargado de abrir las puertas de las celdas le dio la noticia al P. León, le pudo decir, «creo que será para bien». No pudo suponer en ese momento que ya había muerto en la libreta de la cárcel constaba el registro: «Libertad. 29.IX.1936, refiriéndose al P. Darío» ¡Y ciertamente la mano del que lo escribió, había escrito correcto!
El padre, según se pudo saber, poco después, fue fusilado en el picadero de Paterna. Su cadáver fue reconocido por la madre y los hermanos del P. Puche; Y depositado en el Cementerio General de Valencia. (Así consta por las declaraciones del P. Puche, que no solo reconoció el cadáver, sino también porque «en el bolsillo llevaba un billete de 50 pts. Y un rosario de hilo que yo hice y le regalé»; y de Dª María de Oleza, que así mismo depuso en el proceso: «fui testigo de su exhumación y pude comprobar que era el mismo P. Darío. Lo reconocí por los vestidos, carterilla, rosario, camisa, ya que era la misma que vestía en casa»). En 1940, 25 de marzo, fue exhumado y nuevamente identificado; fue sepultado en el panteón de la Compañía de Jesús en el mismo cementerio.
En el interrogatorio propuesto a los testigos en el proceso sobre el martirio del P. Darío Hernández, hay una pregunta, la 22, que dice así: «Si Vd. Sabe cual fue la causa de su muerte». La respuesta la conocían todos los testigos que habían compartido con el padre los tiempos de revolución. De una u otra manera fueron coincidentes: «por ser jesuita», «por ser el prepósito», «por ser el superior de los jesuitas», «por ser el principal de los jesuitas» Y también lo sabían sus perseguidores. Es testimonio del P. Puche: «El mismo asesino se glorió en la cárcel de haber matado al superior de los jesuitas».