Durante una serie larga de años –diecisiete- estuvo en diversos lugares de la provincia jesuítica de Aragón ejerciendo los diferentes ministerios propios de la Compañía. Así lo encontramos en Veruela como profesor de retórica, operario en Barcelona y Valencia, superior en Palma de Mallorca, para terminar definitivamente en Valencia en 1928 como prepósito de la Casa Profesa, hasta su muerte.
En estos años de operario en Valencia sus principales ministerios fueron la predicación, los ejercicios espirituales, y la dirección espiritual en el confesonario, a los que añadía otros como visitas a hospitales, dirección de las Conferencias de San Vicente de Paul, confesor del seminario, etc.
El 19 de septiembre de 1928 fue nombrado prepósito de la Casa Profesa de Valencia. A los ministerios que había venido desarrollando como operario se añadieron algunos otros como la dirección de la Congregación de la Buena Muerte, de la Propagación de la Fe, Cuarenta Horas, Guardia y adoración al Santísimo Sacramento, etc. y sobre todo la dirección de la Comunidad que en ese entonces se componía de 38 sujetos. De todos estos ministerios, en el que más sobresalió, según el P. León, fue en el de la predicación. Del padre, como orador, decía que «valía mucho para el púlpito por su voz, presencia y espíritu».
« realzó todas sus cualidades por un amor tan grande por el bien espiritual de sus súbditos que le hizo prodigar sus cuidados y su tranquilidad y aun su vida por el bien espiritual de ellos: De buen pastor que da la vida por sus ovejas »
Creo que podríamos decir que el corto período de tiempo que se extendió hasta la proclamación de la República, dentro de los vaivenes políticos de la sociedad de aquel entonces, fue relativamente tranquilo, a pesar de las corrientes anticlericales que se manifestaban en Valencia.
Con la llegada de la República y la promulgación del decreto de 23 de enero de 1932, que expulsaba a la Compañía de Jesús, las cosas cambiaron. Y la responsabilidad y cuidado sobre los jesuitas de la Casa Profesa cayó, como era de rigor, sobre el Prepósito. Entonces se comenzó a conocer al P. Hernández en una faceta, casi diríamos, menos conocida, y que según Barquero, «realzó todas sus cualidades por un amor tan grande por el bien espiritual de sus súbditos que le hizo prodigar sus cuidados y su tranquilidad y aun su vida por el bien espiritual de ellos: De buen pastor que da la vida por sus ovejas».
Los jesuitas, dejadas casas y obras apostólicas, vestidos de paisano, se refugiaron a dos «coetus», en la calle del Marqués de Dos Aguas y en la Plaza de la Almoyna. Desde aquí, con toda la prudencia posible siguieron desarrollando sus ministerios. Sabemos que el P. Hernández todavía predico algo en San Martín y la Virgen, aunque la mayor parte de sus ministerios fueran las confesiones y la dirección espiritual.
No sabemos si el P. Darío, dado su carácter optimista, que muchos de los testigos ponderaron, llegó a captar toda la trascendencia de la disolución. Es cierto que, como diría el P. León, «veía las cosas mal, pero era optimista», y la señora Concepción Escofet, que le recibió en su casa en los primeros días tras la disolución, recordaba que el padre decía que pronto volvería la Compañía, y que un día les dijo: «ya verán, dentro de poco la Compañía otra vez».
Fuera así o de otra manera, el caso es que supo comportarse como debiera. La misma señora Escofet recordaba también que «por lo menos no se manifestaba en quejas», y su Hermano Bernardo Mateo, declaró en el proceso que «no habló nunca de política, ni manifestó reacción alguna contra los que motivaron la disolución de la Compañía».
Quizá pudo ser que el padre para no echar más leña al fuego, quiso, con su carácter optimista quitar hierro al asunto. En esta línea iría el testimonio del P. Miguel Palanques, que testificó la admiración que le había causado «la serenidad y conformidad en Dios con que recibió el P. Darío la noticia (disolución). Yo le vi entregar las llaves de la casa a la policía con serenidad suma» Admiración que se extendía a la comunidad «por la conformidad y serenidad de aquellos santos varones».
Y en el resumen de esta misma declaración, el P. Palanques recordaba en 1953, que «en los tiempos aciagos de la disolución, tenia bajo su tutela a unos cuarenta de los nuestros, y a pesar de las estrecheces, nunca le vi angustiado o desconfiado. Siempre con ánimo y llevándonos a todos adelante».
Esta cierta tranquilidad de la vida de los jesuitas durante la disolución, se vio truncada por la explosión revolucionaria de julio de 1936. Los «coetus» desaparecieron, sus miembros se refugiaron en casas de familias amigas y la persecución comenzó para los jesuitas. Su razón no fue otra que la de ser lo que eran y lo que significaba para la revolucionarios ser jesuita. Varios miembros de la dispersa Comunidad de la Casa Profesa, con su prepósito a la cabeza, ofrendaron sus vidas en testimonio de su fe.