La «hecatombe» que el P. Darío anunciaba llegó como él presentía, pero no duró tan sólo los ocho días que vaticinaba, para él duró setenta y tres días. El final anunciado por él «estaremos mejor que antes» tampoco fue así, para él fue mucho mejor. Su final, después de días de «pasión», fue el encuentro glorioso con el Padre.
El optimismo proverbial del padre también se vio en los primeros días de la revolución. «veía la cosa fácil y creía que pasaría todo rápidamente», recordó en el proceso el P. Puche, y la carmelita Carmen Cruz de Santa Teresa, refugiada en casa de sus hermanas, declaraba «que el día de la Asunción de 1936, fue a casa de éstas y nos animaba y decía que la revolución se acabaría pronto. Era muy optimista». Claro que ante la gravedad de los sucesos, asaltos, incendios, asesinatos, «sin manifestarse contra los perseguidores, aceptaba resignado y sereno la persecución». «Nunca le oí frases contra los perseguidores», declaró en 1935 el H. Mateo.
«... administrar Sacramentos, hacer el bien, y no comprometer a nadie por tenerlo en casa. Y esta triple razón fue la que le movió a aceptar un salvoconducto que le ofreció la señora Escofet. Creía que con él podría ir con mas seguridad por la calle ...»
La reacción del padre ante los sucesos estuvo en la misma línea de la que había mostrado en los días de la disolución. El mismo día 19 de julio, comenzó «con mucha serenidad» a organizar el refugio de los jesuitas, y después, el mismo se refugió en la casa de la familia Vergés Escofet. Allí estuvo «escondido» hasta el 6 de agosto. Luego salió porque «tenía obligación de velar por ellos (jesuitas) y saber cómo están», respondió a los que le aconsejaban que no saliera a la calle. Y comenzó un angustioso periplo hasta su detención el día 13 de septiembre.
Por lo que sabemos se refugió en, al menos, ocho casas, y en alguna de ellas, como la pensión «la Numantina» a donde le llevó el P. Puche, un par de veces. La «condición» que ponía para quedarse, si podemos llamarla así, era la de que le tenían que dejar salir, por eso no quiso refugiarse donde le hermano del P. Palanques ni mucho tiempo con Doña María de Oleza.
Tenía que cumplir según decía sus deberes «buscaba el cumplimiento de su deber», recordaba los testigos en el proceso: Ejercer sus ministerios, que no eran otros que «administrar Sacramentos, hacer el bien, y no comprometer a nadie por tenerlo en casa. Y esta triple razón fue la que le movió a aceptar un salvoconducto que le ofreció la señora Escofet. Creía que con él podría ir con mas seguridad por la calle» y así podría velar por los suyos.
A pesar de todo, el cerco de los que le perseguían se iba estrechando; un día 30 de agosto, lo declaraba D. María de Oleza, llegó a su casa pidiendo que lo escondieran, «me pareció por su modestia el mismo Señor», y todavía le quedaban fuerzas para el humor. Le dijo que se llamaba Braulio Pérez Alegre, Braulio porque es nombre de atleta, Pérez porque es apellido vulgar, y alegre porque un perseguido por Cristo debía estar alegre. «Estuvo en casa pocos días» y según declaró la testigo «se le veía muy animoso, manifestando deseos de martirio. ¡Que dicha ser mártir de Cristo! Solía decir».
A pesar de su innato optimismo y del imperativo del cumplimiento del deber, no le faltaron momentos de abatimiento e los que incluso pensó en entregarse. Debieron ser pensamientos fugaces, no de cobardía ni de miedo, sino de desfallecimiento ante las circunstancias cada vez más adversas que se le iban presentando y que por supuesto le superaban: el saberse perseguido de cerca por ser el superior de los jesuitas de Valencia «el capitán general de los jesuitas», como se le llamó en la cárcel, el no tener a dónde ir, ni dónde dormir «iba dando tubos sin tener casa fija», la misma necesidad en que se encontraba, y sobre todo, el haber sabido que tanto su hermana Balbina, como Doña Concepción Escofet, que habían intervenido en el asunto del salvoconducto, habían sido detenidas.
« será necesario que me presente a la policía y entregue a ellos, porque así no puedo continuar [...] si no encuentro casa donde quedarme, me presentaré a la autoridad » sabía que lo buscaban para matarle. Estaba contento y tranquilo...
Solamente dos testigos que hablaron con el padre en esos días, el H. Mateo y la señorita Manuela Alcayna, testimoniaron este pensamiento. El H. Mateo, refugiado en casa de la Sra. Oleza, en la que estuvo unos días el Pa. Hernández, recordaba que un día, cambiando impresiones con él, le había dicho que «será necesario que me presente a la policía y entregue a ellos, porque así no puedo continuar» y la señorita Alcayna declaraba que al marcharse el padre de su casa oyó que le decía a su madre, «si no encuentro casa donde quedarme, me presentaré a la autoridad» y apostillaba la declarante, «sabía que lo buscaban para matarle. Estaba contento y tranquilo».
Los otros testigos del proceso desconocían este pensamiento, pero no se extrañaron nada de que su hubiese podido dar en las circunstancias en que se vivía en Valencia. El mismo P. León, uno de los más allegados al padre en la cárcel, declaraba que «ésta fue una idea que tuvieron varios que se encontraban en situación de no saber a dónde ir... Yo mismo, si no hubiera sido por mi sobrina, no hubiera sabido tampoco a donde ir».